- Ủy ban biên giới quốc gia
- Trung tâm Thông tin khoa học quân sự
- Viện Nghiên cứu Hải sản - Hải Phòng
- Trung tâm Lưu trữ Dầu khí
- Trung tâm Địa chất Khoáng sản Biển (nay là Trung tâm Quy hoạch và Điều tra tài nguyên - môi trường biển khu vực phía Bắc)
- Viện Hải dương học - Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam
- Viện Địa chất và Địa vật lý - Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam
- Viện Địa lý - Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam
- Trung tâm thông tin tư liệu - Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam
- Viện tài nguyên và môi trường biển - Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam
- Cục Đo đạc và Bản đồ Việt Nam
- Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam
- Cục Viễn thám quốc gia
- Cục Công nghệ thông tin
- Trung tâm Quy hoạch và Điều tra tài nguyên nước quốc gia
- Trung tâm Thông tin và Tư liệu môi trường - Tổng cục môi trường
- Trung tâm Điều tra, Đánh giá tài nguyên đất - Tổng cục Quản lý đất đai
- Trung tâm Dữ liệu và Thông tin đất đai - Tổng cục Quản lý đất đai
- Văn phòng Tổng cục biển và hải đảo Việt Nam
- Trung tâm Thông tin, dữ liệu biển và hải đảo quốc gia
- Trung tâm Quy hoạch và Điều tra tài nguyên - môi trường biển khu vực phía Nam
- Trung tâm Quy hoạch và Điều tra tài nguyên - môi trường biển khu vực phía Bắc
- Trung tâm Trắc địa và Bản đồ biển
- Trung tâm Hải văn
- Viện Nghiên cứu biển và hải đảo
- Cục Kiểm soát tài nguyên và Bảo vệ môi trường biển, hải đảo
- Cục Quản lý khai thác biển và hải đảo
- Cục Quản lý điều tra cơ bản biển và hải đảo
- Vụ Tổ chức cán bộ
- Vụ Kế hoạch - Tài chính
- Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế
- Vụ Chính sách và Pháp chế
